Claude Code+Codex＋OpenClaw临床科研联合应用实战培训班

模块一

AI基础、三工具认知与医学数据安全

目标：建立临床科研智能体的整体认识，理解Claude Code、Codex与OpenClaw的协作关系，掌握医学资料进入AI工具前的脱敏、权限和人工核验要求。

核心内容：

1.智能体与普通对话式AI的区别：普通对话式AI通常围绕单次输入生成回答；科研智能体则需要围绕明确目标持续读取资料、拆解任务、调用工具、执行操作、保存文件、检查结果并根据反馈继续修正。课堂重点讲清“回答一个问题”和“完成一个科研任务”之间的差别。

2.智能体的基本任务循环：研究人员提出目标→智能体识别已有材料与缺失材料→形成执行计划→选择文件、代码或检索工具→生成中间成果→执行质量检查→交由研究人员确认。通过该循环帮助学员理解智能体不是完全自主决策系统，而是需要规则和人工监督的任务执行框架。

3.智能体核心组件：任务目标决定最终产出；提示词规定角色、步骤和边界；上下文保存当前任务信息；记忆用于保留稳定背景；Tools负责真实操作；Skills封装可重复流程；MCP用于连接外部工具和数据；Agent或子智能体承担专业子任务；日志记录执行过程；人工确认节点控制高风险操作。

4.三款工具的教学分工：Claude Code用于管理本地科研目录、批量读取文件和统筹复杂任务；Codex用于生成、调试、解释和复核Python/R代码；OpenClaw用于把已经验证的任务规则封装为Skill，连接受控工具，编排Agent并运行定时任务。强调三者存在能力重叠，课程按照科研工作流进行分工，而不是简单比较谁更强。

5.三工具联合应用路径：先由Claude Code读取病例、指南、文献和数据并生成任务说明；再由Codex根据任务说明编写和测试代码；分析结果回到Claude Code形成报告；经过人工核验后，将稳定流程放入OpenClaw，形成可重复运行的Skill、Agent任务或定时自动化。

6.医学数据的直接身份标识：姓名、身份证号、住院号、门诊号、电话号码、详细地址、社交账号、影像文件中的身份信息等原则上不得进入课堂工具。学员需要掌握删除、替换、编号化和目录隔离等基础处理方法。

7.医学数据的间接识别风险：精确出生日期、精确住院日期、极高龄、罕见病、特殊职业、极小地域、特殊手术日期、家属姓名和单位等信息单独看可能不直接识别患者，但多字段组合后可能重新识别个体，因此需要泛化、分组或删除。

8.文件层面的隐私检查：除正文外，还要检查Word修订记录、批注、作者信息、Excel隐藏工作表、隐藏列、公式引用、PDF属性、图片水印、截图边缘和文件名，避免正文已脱敏但附件仍残留身份信息。

9.人工核验的四个层级：来源核验用于确认病例、指南和文献位置；数据核验用于确认字段、单位和缺失值；代码核验用于确认清洗规则、统计方法和运行结果；结论核验用于确认AI是否夸大因果、疗效或临床意义。

10.课程统一安全原则：使用最小必要数据、最小工具权限和最小自动化范围；AI输出默认视为草稿；涉及诊断、治疗、用药、患者处置、统计结论、正式投稿和公开发布的内容必须由具备相应职责和能力的人员最终确认。

代表案例：

使用一份模拟胸痛患者电子病历，对比普通AI回答与智能体执行“读取病例—提取字段—生成时间线—保存结果—标记待复核项”的差异。

当日产出：

脱敏问题清单、胸痛病例安全版本、AI使用边界清单和医学资料上传前检查表。

模块二

Claude Code本地环境配置与脱敏病例处理

目标：完成Claude Code的最小可用环境和临床科研项目目录，掌握本地资料读取、结构化提取、结果保存和修改前确认。

核心内容：

1.环境准备与课前检查：确认Claude Code能够正常登录和启动，VS Code、Git、Python或R环境可用，课程目录具有读写权限。课堂不把大量时间消耗在下载安装，而是通过统一检查表快速识别账号、网络、权限、路径、编码和依赖问题。

2.本地科研项目目录设计：将原始病例、脱敏病例、指南、文献、原始数据、处理后数据、脚本、图表、报告、Skills和日志分别存放，避免所有材料堆放在同一目录。通过目录层级让学员理解“原始材料不可覆盖、中间文件可追踪、最终成果可定位”。

3.原始区、处理区和成果区的隔离：raw目录只读保存原始材料；deidentified或processed目录存放脱敏与清洗结果；outputs或reports目录存放最终表格、图表和报告。任何清洗脚本默认从原始区读取并写入新文件，不允许直接覆盖原始数据。

4.项目规则文件：在项目根目录写明研究主题、资料范围、允许使用的工具、禁止访问的目录、固定输出格式、文件命名规则、缺失信息表示方法、引用要求和人工审核节点。规则文件的作用是让后续不同会话和不同Agent遵循一致标准。

6.长文档和多文件处理策略：先生成目录与内容索引，再按章节或文件分批提取，最后合并；每个中间结果保留来源文件名、页码或段落位置。避免一次性要求模型“阅读全部资料并直接写报告”，导致信息遗漏和来源不可追溯。

7.结构化提取规则：提前定义病例字段、字段类型、允许值和输出顺序；原文没有的信息标记“未记录”或“无法判断”；存在冲突的信息分别保留并标记来源；不能根据医学常识自动补写检查、诊断或治疗信息。

8.病例时间线构建：将就诊日期、症状变化、检查、诊断、用药、手术或处置、随访和结局按时间排序，并在每条记录后保留原文来源。时间不完整时使用“日期不详”或时间范围，不擅自推断精确日期。

9.结果保存与版本管理：为每次输出增加日期或版本号；保存提取计划、执行结果、修改记录和最终确认版；通过对比修改前后文件识别模型是否删除原有内容、改变字段或误覆盖人工结论。

10.常见问题与排查：路径包含中文或空格、文件被占用、CSV编码异常、Excel日期被识别为数字、PDF文字无法提取、权限不足、命令未安装等问题，应先定位错误来源，再决定修改路径、转换格式或采用备用文件，不让学员反复盲目重试。

代表案例：

对脱敏胸痛病例提取主诉、现病史、既往史、危险因素、检查结果、诊疗经过和随访结局，并按“时间—事件—来源—待核验项”生成病例时间线。

当日产出：

临床病例摘要、病例时间线、缺失信息清单、隐私复核报告和可复用的病例整理提示词。

模块三

ClaudeCode创建科研助手与文献、数据处理初体验

当日目标：把一次性提示词整理为可重复使用的临床科研助手规范，完成医学摘要信息提取和随访数据的基础质控。

核心内容：

1.科研助手的任务边界：明确助手处理的材料类型、适用研究场景、允许完成的步骤和不能完成的判断。例如文献助手可以提取研究设计和PICO，但不能把摘要未报告的内容补齐，也不能独立决定正式纳入结果。

2.科研助手规则的基本结构：角色说明、输入要求、材料范围、执行步骤、字段定义、输出模板、异常处理、禁止事项、人工复核节点和完成标准。通过固定结构减少每次重新描述任务造成的输出差异。

3.医学文献信息提取：从论文摘要或全文中提取题名、作者、年份、国家、研究类型、研究对象、样本量、干预或暴露、对照、主要结局、次要结局、随访时间、主要结果和研究局限，并保留原文位置。

4.PICO或PECO提取：明确P、I/E、C和O分别对应什么；区分研究对象特征和纳入标准、干预和实际暴露、对照组名称和参考组、主要结局和探索性结局。材料未报告时填写“未报告”，存在多个结局时按主要和次要结局分列。

5.文献初筛的三分类机制：输出“建议纳入、建议排除、待人工复核”，并为每项判断提供纳排标准对应依据。不能只给结论而不给理由，也不能因为题名相似就直接纳入。

6.数据字典的建立：为每个字段记录中文名称、英文或原始字段名、数据类型、单位、允许范围、编码含义、来源时间点、缺失值表示和备注。数据字典是后续Claude Code、Codex和OpenClaw共享任务的基础。

7.临床数据质量检查：识别空值、重复患者、重复随访、异常范围、单位不一致、日期前后矛盾、分类编码混乱、同一指标多种命名和结局变量缺失等问题，并将“可能异常”与“确定错误”分开。

8.基础统计的选择：连续变量根据分布输出均值和标准差或中位数和四分位数；分类变量输出频数和比例；同时报告有效样本量和缺失数量。第一天只建立数据概览，不急于开展复杂检验和回归。

9.文献结果与数据结果的分离：文献证据表用于描述已有研究，课堂数据分析用于描述模拟数据，两类结果不得混写，更不能用文献结论解释尚未完成统计验证的课堂数据。

10.抽样复核机制：学员随机选择若干文献和数据行，回到原始材料核对样本量、主要结局、日期、单位和异常标记。通过抽查评估助手规则是否稳定，再决定是否批量处理剩余资料。

代表案例：

创建“糖尿病合并高血压随访资料整理助手”，处理模拟摘要、病例摘要和随访Excel，整理基线血压、血糖指标、用药类别、随访指标和结局变量。

当日产出：

科研助手规则文件、文献结构化表、PICO表、数据字典、数据质量初检报告和Day1成果目录。

模块四

ClaudeCode集成与临床科研代码任务

当日目标：掌握Codex的基本使用方式，建立Claude Code与Codex基于共享项目目录的任务交接，完成临床随访数据的代码生成、调试、运行和复核。

核心内容：

1.Codex在课程中的定位：不仅用于“写一段代码”，还用于读取项目文件、理解分析任务、生成完整脚本、解释代码、修复错误、补充测试和审查另一套实现。重点让学员理解代码智能体依然需要明确的数据字典和统计要求。

2.共享项目目录的交接方式：Claude Code生成analysis_task.md、data_dictionary.xlsx或字段说明；Codex从固定目录读取任务并生成scripts目录下的代码；结果保存到outputs，运行信息保存到logs；Claude Code

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